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知曉PCR,定量PCR與數字PCR的實驗方法與選擇

更新時間:2021-01-09      瀏覽次數:1312

從1985年至今的30多年時間里,PCR分析經歷了三代技術的發(fā)展。一代傳統(tǒng)PCR技術,采用瓊脂糖凝膠電泳的方法對PCR產物進行定性分析。第二代熒光定量PCR技術,通過在PCR反應體系中加入熒光基團,利用熒光信號的積累實時監(jiān)控PCR進程,后用Cq值對基因進行定量分析。第三代數字PCR技術,通過將PCR反應液進行有限稀釋,實現核酸分子的單分子擴增,終采取終點法檢測陽性微滴的熒光信號,有熒光信號的微滴判讀為 1;沒有熒光信號的微滴判讀為 0,因此該技術被稱為數字PCR。

PCR技術在不斷地蛻變卻從未淡出我們的視野,如今已經滲透到分子生物學領域的各種研究層面。尤其在今年大流行疾病中,展現了PCR技術的強大之處。那在科學研究中,我們該如何選擇傳統(tǒng)PCR 、熒光定量 PCR與數字 PCR呢?

首先我們要清楚,三代PCR技術所有的基礎源于PCR反應的基本原理和PCR反應的3個重要階段,分別是指數期、線性期和平臺期。

指數期

指數期內,每個循環(huán)PCR產物量大約增加1倍(假定 100%反應效率),該階段的擴增反應具有高度特異性和精度。

線性期(高變異性)

隨著PCR反應體系成分的消耗,其中的一個或者多種成分限制反應,導致反應開始減緩,并且每個循環(huán)的PCR 產物不再加倍。

平臺期

反應停止,不再產生更多的產物。因為每個樣品具有不同的反應動力學,所以每個反應將在不同的時間點進入平臺期,平臺期內可以看到這些差異。

傳統(tǒng) PCR

傳統(tǒng)PCR通過瓊脂糖凝膠電泳對PCR終產物進行分析(圖2),它的局限性就在于只能做定性分析。在圖3中,3個反應孔含有相同量的 DNA模板,但到達平臺期后產生的熒光信號卻不同,說明擴增產物的量存在不同(反應動力學變化所致)。這也表明了傳統(tǒng)PCR平臺期測量時結果存在變異,產出的DNA量不一定能反映初情況,所以無法進行定量。

熒光定量 PCR

同樣在圖3中,發(fā)現在指數期內,3個反應孔的擴增曲線*重合,說明指數期內進行檢測將更加確,可實現更加準確的定量。閾值線是擴增產物熒光強度超過背景時的一個熒光強度值,樣品達到此熒光強度值所經過的循環(huán)數稱為Cq值。通過比較未知濃度的樣品與一系列標準品的Cq值,可以測定未知反應中的模板 DNA數量。

 

數字 PCR

數字 PCR 是通過將樣本DNA隨機分布至獨立的反應單元中,每個反應單元中包含或者不包含1個或多個拷貝的目標分子,所有獨立的反應單元進行平行擴增后,對每個反應單元的陰性或者陽性熒光信號進行檢測并進行統(tǒng)計學分析,就可以計算出原始樣本的拷貝數,無需參考標準品或內源性對照品,也不需要標準曲線。

傳統(tǒng)PCR 、熒光定量 PCR與數字 PCR的選擇

 

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